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Neues aus der Fa­kul­tät

Archiv 2015

Auszeich­nungen für Mit­ar­bei­ter der Fa­kul­tät

Doktoranden der Fa­kul­tät CCB wurden im Rah­men der dies­jäh­rigen „11th German Conference on Chemoinformatics“ in Fulda mit Preisen für die beste Masterarbeit (Patrick Kibies, Arbeits­gruppe Prof. Stefan Kast) und für beste Poster (Christiane Ehrt, Arbeits­gruppe Dr. Oliver Koch und Tobias Brinkjost, ge­mein­sam betreut durch Dr. Koch und Prof. Petra Mutzel, Fa­kul­tät für In­for­ma­tik) aus­ge­zeich­net.

Patrick Kibies, Tobias Brinkjost, Christiane Ehrt © Archiv​/​TU Dort­mund
(v.l.) Patrick Kibies, Tobias Brinkjost, Christiane Ehrt

Die Fachgruppe CIC (Chemie-Information-Computer) der GDCh führte vom 8. bis 10. November 2015 in Fulda mit der „11th German Conference on Chemoinformatics“ (GCC 15) ih­re jährliche Tagung durch. In diesem Rah­men wurden in diesem Jahr drei Doktorand/innen der Fa­kul­tät CCB mit Auszeich­nungen geehrt.

Patrick Kibies (Arbeits­gruppe Stefan Kast) gewann den Preis für die beste Masterarbeit im Bereich „Computational Chem­is­try“ mit dem Titel „Effiziente integralgleichungsbasierte Konformationsanalyse in Lö­sung“. In Zu­sam­men­arbeit mit der Arbeits­gruppe von Prof. Daniel Rauh wurde eine Methodik er­ar­bei­tet, um das Problem der konformationellen „Präorganisation“ von Wirkstoffmolekülen unter realistischen Umgebungsbedingungen theoretisch zu behandeln. Präorganisierte, d.h. ähnlich der Bindungsform vorliegende Liganden kön­nen besser an Zielproteine binden, weil geringerer Aufwand zu erbringen ist, um die „richtige“ Konformation aus dem Ensemble in freier Lö­sung zu selektieren bzw. um das Molekül in die Bindungsgeometrie zu bringen. Das Ver­fah­ren wurde er­folg­reich auf ver­schie­de­ne Liganden der EGFR-Kinase angewendet und führte bereits zu einer Publikation.

 Aus der Arbeits­gruppe Dr. Oliver Koch waren Christiane Ehrt („Trypanothione synthetase and ATP-binding proteins: an application of the ligand-sensing cores concept“) und, in gemeinsamer Be­treu­ung mit Prof. Petra Mutzel, Fa­kul­tät für In­for­ma­tik, Tobias Brinkjost („On our way to the automated search for ligand-sensing cores“) jeweils mit ihren vorgestellten Postern er­folg­reich. Die grund­le­gen­de Thematik beider Arbeiten beinhaltet die Ähnlichkeit von Proteinbindetaschen basierend auf ähnlichen Anordnungen von Sekundärstrukturelementen (Ligand-sensing cores) unabhängig vom gesamten Faltungsmuster. Erste Beispiele zeigen, dass ähnliche Ligand-sensing cores ähnliche Molekülgrundgerüste (Scaffolds) binden kön­nen. Die Identifizierung dieser Ähnlichkeiten kann also einen erheblichen Einfluss auf das rationale Design neuer Wirk­stof­fe haben, indem das Wissen über mögliche bindende Scaffolds auf ein neues Zielprotein übertragen wer­den kann. Herr Brinkjost kümmert sich um die Ent­wick­lung und Programmierung einer Methode, um Proteine in Hinblick auf ähnliche Ligand-sensing cores mit­ei­nan­der vergleichen zu kön­nen. Frau Ehrt wendet diese Methode an und evaluiert die gewonnen Er­geb­nisse, um für interessante Wirkstoffziele neue Inhibitoren zu identifizieren.

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